Processing.Parsing

Fichier contenant des fonctions pour parser les entrées et sorties des DLLs externes.

get_max_points(height: int = 256, width: int = 256, n_planes: int = 1, density: float = 0.2) int[source]

Calcule le nombre maximal théorique de points détectables basé sur les dimensions et la densité de l’image.

Paramètres:
  • height – Hauteur de l’image (nombre de lignes). Par défaut 256.

  • width – Largeur de l’image (nombre de colonnes). Par défaut 256.

  • n_planes – Nombre de plans de l’image. Par défaut 1.

  • density – Densité de points par pixel. Par défaut 0.2.

Renvoie:

Nombre maximal théorique de points détectables.

rearrange_dataframe_columns(data: DataFrame, columns: list[str], remaining: bool = True) DataFrame[source]

Réorganise les colonnes d’un DataFrame en mettant certaines en premier, avec l’option d’ajouter les colonnes restantes dans leur ordre d’origine.

Paramètres:
  • data – Le DataFrame à réorganiser.

  • columns – Liste des noms de colonnes à placer en premier.

  • remaining – Si True, ajoute les colonnes non spécifiées après celles définies dans columns.

Renvoie:

Un nouveau DataFrame avec les colonnes réorganisées.

Lève:

ValueError – Si une colonne spécifiée dans columns n’existe pas dans data.

parse_result(data: ndarray, file_type: str = 'Localization') DataFrame[source]

Parsing du résultat de la DLL PALM.

On a un tableau 1D de grande taille en entrée :
  • On le découpe en tableau 2D à 13 colonnes (N_SEGMENTS). La taille du tableau est vérifié et tronqué si nécessaire.

  • On le transforme en dataframe avec les colonnes définies par SEGMENTS.

  • On supprime les lignes remplies de 0 et de -1. Un test sur les colonnes X ou Y strictement positif suffit (le SigmaX et SigmaY peuvent être à 0).

Paramètres:
  • data – Donnée en entrée récupérées depuis la DLL PALM.

  • file_type – Type de fichier à parser (« Localization » ou « Tracking »)

Renvoie:

Dataframe filtré

parse_localization_to_tracking(data: DataFrame) ndarray[source]

Parsing du résultat de la localisation pour la DLL de Tracking.

Paramètres:

data – Donnée en entrée récupérées depuis la localisation.

Renvoie:

Dataframe