FileIO

Fichier de fonctions de manipulation de fichiers

Ce module regroupe diverses fonctions pour la gestion et la manipulation de fichiers.

add_extension(filename: str, extension: str) → str

Ajoute l’extension au fichier si ce n’est pas déjà l’extension actuelle

Paramètres:

• filename (str) – Nom du fichier

• extension (str) – Extension finale du fichier

Renvoie:

Nom de fichier avec l’extension ajoutée.

Type renvoyé:

str

add_suffix(filename: str, suffix: str) → str

Ajoute un suffixe à un nom de fichier (gère la possibilité d’une extension ou non au nom de fichier).

Paramètres:

• filename (str) – Nom de fichier d’origine.

• suffix (str) – Suffixe à ajouter.

Renvoie:

Nom de fichier avec l’horodatage ajouté.

Type renvoyé:

str

get_timestamp_for_files(with_hour: bool = True) → str

Créé un horodatage au format -AAAAMMJJ_HHMMSS pour un nom de fichier.

Paramètres:

with_hour (bool) – Ajoute ou non l’heure au timestamp

Renvoie:

Horodatage.

Type renvoyé:

str

get_last_file(path: str | Path, name: str, sort_mode: Literal['time', 'alpha'] = 'alpha') → str

Récupère le dernier fichier (le plus récent) qui contient le paramètre name dans son nom dans le chemin path.

Paramètres:

• path (str | Path) – Chemin du dossier où chercher les fichiers.

• name (str) – Chaîne à rechercher dans les noms de fichiers.

• sort_mode (Literal['time', 'alpha']) – Mode de tri : « time » : date de modification (par défaut), « alpha » : ordre alphabétique.

Renvoie:

Chemin complet du dernier fichier trouvé (ou une chaîne vide si aucun fichier ne correspond).

Type renvoyé:

str

extract_suffix(filename: str | Path, separator: str = '-') → str

Récupère le suffixe d’un fichier (partie après le séparateur ou après sa dernière occurrence en cas de présence multiple).

Paramètres:

• filename (str | Path) – Nom du fichier.

• separator (str) – Séparateur avant le suffixe

Renvoie:

Suffixe si le séparateur est présent sinon une chaine vide

Type renvoyé:

str

load_dll(name: str) → CDLL | None

Charge une DLL, si elle existe.

Paramètres:

name (str) – Type de DLL (CPU, GPU)

Renvoie:

Objet Python stockant la DLL chargée.

Type renvoyé:

CDLL | None

save_json(filename: str | Path, data: dict[str, Any])

Enregistre un dictionnaire au format JSON.

Paramètres:

• filename (str | Path) – Chemin du fichier JSON de sortie.

• data (dict[str, Any]) – Données à enregistrer.

open_json(filename: str | Path) → dict[str, Any]

Ouvre un fichier JSON et récupère le dictionnaire.

Paramètres:

filename (str | Path) – Chemin du fichier JSON d’entrée.

Renvoie:

Dictionnaire contenu dans le JSON.

Type renvoyé:

dict[str, Any]

save_tif(stack: ndarray, filename: str)

Sauvegarde un tableau 3D (ou 2D converti en 3D) dans un fichier TIF multi-frame avec tifffile.

Paramètres:

• stack (ndarray) – Tableau contenant l’image ou les frames - Si 2D (hauteur x largeur), convertit en pile 3D avec une seule frame. - Si 3D (frames x hauteur x largeur), sauvegarde les frames en multi-frame.

• filename (str) – Nom du fichier TIF de sortie.

open_tif(filename: str | Path) → ndarray

Ouvre un fichier TIF en tant que pile 3D (frames x hauteur x largeur). Si le fichier contient une seule image 2D, ajoute une dimension pour en faire une pile 3D.

Paramètres:

filename (str | Path) – Chemin du fichier TIF à ouvrir.

Renvoie:

Tableau 3D contenant les données TIF.

Type renvoyé:

ndarray

Note

Attention les données doivent rester telle quelle pour le transfert à la DLL. Aucun cast en float ne doit être fait.

save_png(image: ndarray, filename: str | Path, normalization: bool = True)

Sauvegarde un tableau 2D dans un fichier PNG avec Pillow.

Paramètres:

• image (ndarray) – Tableau contenant l’image 2D

• filename (str | Path) – Nom du fichier TIF de sortie.

• normalization (bool) – Normalise l’image avant enregistrement.

grayscale_to_color(data: ndarray, color_map: str = 'viridis') → ndarray

Convertie une image 2D Niveau de gris en tableau 3D (pour la couleur RGB) selon la color map. Le format est compatible avec Pillow et Napari. Une color Map Napari serait bien en cas de superposition entre un affichage Napari et en fond l’image généré.

Paramètres:

• data (ndarray) – Image 2D (H, W) uint16.

• color_map (str) – Nom de colormap Matplotlib. Privilégier des cartes perceptuellement uniformes (“viridis”, “magma”, “plasma”, “inferno”, “cividis”, “turbo”). (liste des colormaps).

Renvoie:

Image RGB de forme (H, W, 3) en dtype uint8, compatible Pillow et Napari.

Type renvoyé:

ndarray

open_calibration_mat(filename: str | Path) → dict[str, Any]

Charge un fichier de calibration Matlab.

Paramètres:

filename (str | Path) – Nom du fichier mat en entrée.

Renvoie:

Dictionnaire contenant les éléments utiles

Type renvoyé:

dict[str, Any]