Viewer3DWidget

Widget d’affichage 3D pour Napari permettant de charger un fichier CSV et de visualiser les points en 3D avec ajustements interactifs des échelles et de la taille des points.

Ce widget ajoute dans le dock de Napari :

  • un bouton de chargement de fichier CSV,

  • trois champs pour contrôler les échelles en XY et Z et la taille des points,

  • une option permettant d’exclure les points avec intensité nulle,

  • un calque Napari Points mis à jour dynamiquement.

Le CSV doit contenir les colonnes "X", "Y", "Z" et "Integrated Intensity".

class Viewer3DWidget(viewer: Viewer)[source]

Bases: QWidget

Widget d’affichage 3D pour un viewer Napari.

Ce widget permet :

  • de charger un fichier CSV contenant des coordonnées 3D

  • d’ajuster l’échelle XY et Z

  • de modifier la taille des points

  • d’activer ou non la suppression des points d’intensité nulle

  • de créer ou mettre à jour un calque de type napari.layers.Points.

Remarque : peut être lancé directement avec la commande napari -w palm-tracer "Viewer 3D"

Parameters:

viewer (napari.Viewer) – Instance du viewer Napari où sera ajouté le calque 3D.

load_csv()[source]

Ouvre une boîte de dialogue pour sélectionner un fichier .csv et charge les données associées dans un pandas.DataFrame.

Le fichier doit contenir les colonnes : "X", "Y", "Z", "Integrated Intensity"

Si un calque existe déjà, il est supprimé avant la création du nouveau.

Cette méthode déclenche ensuite update_layer() pour créer le calque 3D.

update_layer()[source]

Crée ou mets à jour le calque de points 3D dans le viewer Napari.

Transformations appliquées :

  • réorganisation des coordonnées sous la forme (Z, Y, X)

  • mise à l’échelle par les valeurs choisies dans les widgets

  • suppression éventuelle des points dont Integrated Intensity == 0

  • mise à jour dynamique du calque existant ou création d’un nouveau

Si aucune donnée n’est encore chargée, la méthode ne fait rien.

create_viewer3d() → Viewer[source]

Crée une nouvelle fenêtre Napari 3D, sans menu, et y ajoute le Viewer3DWidget docké à droite.

Cette fonction NE lance PAS napari.run() : elle est faite pour être appelée depuis un plugin, donc dans une appli Qt déjà active.

Return type:

Viewer

open_viewer3d(_viewer: Viewer = None) → QWidget[source]

Callable utilisé par Napari pour le menu Plugins > PALM Tracer > Viewer 3D.

  • Ignore le viewer courant.

  • Crée une nouvelle fenêtre Napari 3D dédiée.

  • Retourne un QWidget stub (caché) juste pour satisfaire l’API “widget plugin” de Napari.

Parameters:

_viewer (Viewer)

Return type:

QWidget