AlignmentWidget

Module contenant la classe AlignmentWidget, un outil minimaliste pour la gestion de l’alignement géométrique entre acquisitions dans PALMTracer.

Ce widget offre une interface simple organisée en deux onglets : Compute Alignment Coefficients, Apply Alignment

Fonctionnalités principales

  • Interface légère en PySide6/PyQt6 basée sur des QTabWidget, QGroupBox et QPushButton.

  • Gestion simple des entrées (sélection de fichiers TIFF / TXT via QFileDialog).

  • Chargement des images via palm_tracer.Tools.open_tif() et sauvegarde via palm_tracer.Tools.save_tif().

  • Chargement des coefficients d’alignement sous forme d’un tableau NumPy de taille (2, 10).

  • Application de l’alignement via Palm.align(), issue du module palm_tracer.Processing.

Notes

  • Le widget est autonome : il peut être lancé directement (python AlignmentWidget.py), utilisé dans PALMTracer ou dans un plugin externe.

Todo

Implémenter la méthode de calcul automatique des coefficients (méthode interne PALMTracer actuelle). Prévoir une visualisation intermédiaire (overlay, difference map).

class AlignmentWidget(parent: QWidget | None = None)[source]

Bases: QWidget

Widget minimaliste pour la gestion de l’alignement entre acquisitions.

Ce widget fournit deux onglets :
  • Compute Alignment Coefficients :

    • Bouton pour charger un fichier TIFF contenant une seule image, composée de deux vues placées côte à côte (référence / déformation).

    • Bouton pour lancer le calcul des coefficients.

  • Apply Alignment :

    • Bouton pour charger un fichier TIFF à corriger.

    • Bouton pour charger un fichier de coefficients.

    • Bouton pour lancer l’alignement.

Parameters:

parent (QWidget | None)

open_alignment()[source]

Ouvre la fenêtre d’alignement en mode autonome.

Cette fonction est utilisée par le plugin Napari comme point d’entrée : elle crée simplement un AlignmentWidget, l’affiche et le renvoie. Le widget ne dépend pas de Napari et s’ouvre dans sa propre fenêtre.