AlignmentWidget

Module contenant la classe AlignmentWidget, un outil minimaliste pour la gestion de l’alignement géométrique entre acquisitions dans PALMTracer.

Ce widget offre une interface simple organisée en deux onglets : Compute Alignment Coefficients, Apply Alignment

Fonctionnalités principales

  • Interface légère en PySide6/PyQt6 basée sur des QTabWidget, QGroupBox et QPushButton.

  • Gestion simple des entrées (sélection de fichiers TIFF / TXT via QFileDialog).

  • Chargement des images via palm_tracer.Tools.open_tif() et sauvegarde via palm_tracer.Tools.save_tif().

  • Chargement des coefficients d’alignement sous forme d’un tableau NumPy de taille (2, 10).

  • Application de l’alignement via Palm.align(), issue du module palm_tracer.Processing.

Notes

  • Le widget est autonome : il peut être lancé directement (python AlignmentWidget.py), utilisé dans PALMTracer ou dans un plugin externe.

À faire

Implémenter la méthode de calcul automatique des coefficients (méthode interne PALMTracer actuelle). Prévoir une visualisation intermédiaire (overlay, difference map).

class AlignmentWidget(parent: QWidget | None = None)[source]

Bases : QWidget

Widget minimaliste pour la gestion de l’alignement entre acquisitions.

Ce widget fournit deux onglets :
  • Compute Alignment Coefficients :

    • Bouton pour charger un fichier TIFF contenant une seule image, composée de deux vues placées côte à côte (référence / déformation).

    • Bouton pour lancer le calcul des coefficients.

  • Apply Alignment :

    • Bouton pour charger un fichier TIFF à corriger.

    • Bouton pour charger un fichier de coefficients.

    • Bouton pour lancer l’alignement.

Paramètres:

parent (QWidget | None)

open_alignment()[source]

Ouvre la fenêtre d’alignement en mode autonome.

Cette fonction est utilisée par le plugin Napari comme point d’entrée : elle crée simplement un AlignmentWidget, l’affiche et le renvoie. Le widget ne dépend pas de Napari et s’ouvre dans sa propre fenêtre.