Index

A

active (attribut BaseSettingGroup) (attribut CheckRangeFloat) (attribut CheckRangeInt) add() (méthode Logger) add_color_to_tracks() (méthode PALMTracer) add_extension() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) add_file() (méthode FileList) add_setting_row() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) add_suffix() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) add_test_info() (méthode Monitoring) Ajustement gaussien align() (méthode Palm)

AlignmentWidget (classe dans palm_tracer.UI.AlignmentWidget) always_active() (méthode BaseSettingGroup) analyze() (méthode FileMigrator) apply_dataframe_type() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) apply_drift() (dans le module palm_tracer.Processing.Drift) astigmatism3d_curve() (méthode Grapher) Astigmatism3DWidget (classe dans palm_tracer.UI.Astigmatism3DWidget) astigmatism_3d_calibration() (méthode Palm) astigmatism_3d_estimation() (méthode Palm) attach_to_form() (méthode BaseSettingType) auto_threshold() built-in function auto_threshold() (méthode Palm)

B

BasePlotlyWidget (classe dans palm_tracer.UI.BasePlotlyWidget) BaseSettingGroup (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.BaseSettingGroup) BaseSettingType (classe dans palm_tracer.Settings.Types.BaseSettingType) batch (attribut Settings) Batch (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Batch) beads (attribut PALMTracer) (attribut Settings) BeadsExtraction (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.BeadsExtraction) blank() (méthode statique Grapher) blinking (attribut Settings) blinking_reconnection() (méthode Palm)

BlinkingReconnection (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.BlinkingReconnection) blocked() (méthode SignalWrapper) box (attribut BaseSettingType) (attribut CheckRangeFloat) (attribut CheckRangeInt) browse_file() (méthode BrowseFile) BrowseFile (classe dans palm_tracer.Settings.Types.BrowseFile) built-in function auto_threshold() Button (classe dans palm_tracer.Settings.Types.Button) buttons (attribut FileList) (attribut Filtering)

C

calibration (attribut Settings) Calibration (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Calibration) check_max() (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) check_min() (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) CheckBox (classe dans palm_tracer.Settings.Types.CheckBox) CheckRangeFloat (classe dans palm_tracer.Settings.Types.CheckRangeFloat) CheckRangeInt (classe dans palm_tracer.Settings.Types.CheckRangeInt) clear_files() (méthode FileList) close() (méthode Logger) closeEvent() (méthode BasePlotlyWidget)

cloud() (méthode Grapher) column_migrator() (méthode statique FileMigrator) Combo (classe dans palm_tracer.Settings.Types.Combo) connect() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode Button) (méthode Settings) (méthode SignalWrapper) Correction de dérive create_viewer3d() (dans le module palm_tracer.UI.Viewer3DWidget) create_viewerhr() (dans le module palm_tracer.UI.ViewerHRWidget) current_text (attribut Combo)

D

dataframe_migrator() (méthode FileMigrator) deactivate_filters() (méthode Filtering) (méthode FilteringL) (méthode FilteringT) default (attribut BaseSettingType) (attribut BrowseFile) (attribut CheckBox) (attribut CheckRangeFloat) (attribut CheckRangeInt) (attribut Combo) (attribut FileList) (attribut SpinFloat) (attribut SpinInt)

Dérive df (attribut PALMTracer) disconnect() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode Settings) (méthode SignalWrapper) draw_line() (méthode statique Renderer) draw_test_section() (méthode statique Monitoring) drift_correction() (dans le module palm_tracer.Processing.Drift)

E

emit() (méthode BaseSettingType) (méthode SignalWrapper)

eventFilter() (méthode KeyBlocker) extract_beads() (dans le module palm_tracer.Processing.Drift) extract_suffix() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO)

F

file_handle (attribut Logger) FileList (classe dans palm_tracer.Settings.Types.FileList) FileMigrator (classe dans palm_tracer.Tools.FileMigrator) FileMigratorWidget (classe dans palm_tracer.UI.FileMigratorWidget) filename (attribut Logger) files (attribut FileMigrator) FILES_LINK (attribut FileMigrator) filter_localizations() (méthode PALMTracer) filter_tracks() (méthode PALMTracer)

filter_tracks_compute() (méthode PALMTracer) filtering (attribut Settings) Filtering (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Filtering) FilteringL (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.FilteringL) FilteringT (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.FilteringT) format_time() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) from_dict() (méthode de la classe BaseSettingGroup) (méthode de la classe BaseSettingType) (méthode de la classe Settings)

G

gallery (attribut Settings) Gallery (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Gallery) GaussianFit (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.GaussianFit) get_bins_number() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) get_color_map_by_name() (méthode statique Monitoring) get_drift() (dans le module palm_tracer.Processing.Drift) get_fit() (méthode Localization) get_fit_params() (méthode Localization) get_last_file() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) get_list() (méthode FileList) get_localization_colors() (méthode statique Renderer) get_localization_key() (méthode PALMTracer)

get_meta() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) get_paths() (méthode Batch) get_selected() (méthode FileList) get_stacks() (méthode Batch) get_status() (méthode PALMTracer) get_timestamp_for_files() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) get_tracks_colors() (méthode statique Renderer) get_tracks_compute_key() (méthode PALMTracer) get_tracks_key() (méthode PALMTracer) get_y_range() (méthode statique Monitoring) Grapher (classe dans palm_tracer.Processing.Grapher) GraphViewerWidget (classe dans palm_tracer.UI.GraphViewerWidget) grayscale_to_color() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO)

H

hide() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt)

histogram() (méthode Grapher)

I

Image haute résolution init_layout() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) initialize() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode BrowseFile) (méthode Button) (méthode CheckBox) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) (méthode Combo) (méthode FileList) (méthode SpinFloat) (méthode SpinInt)

initialize_ui() (méthode BaseSettingGroup) (méthode Filtering) (méthode Localization) (méthode VisualizationHR) input_folder (attribut FileMigrator) interval (attribut Monitoring) is_dll_valid() (méthode PALMTracer) is_valid() (méthode Palm) (méthode statique BaseSettingGroup) items (attribut Combo) (attribut FileList)

K

KeyBlocker (classe dans palm_tracer.UI.KeyBlocker)

KEYS_TO_FILE (attribut PALMTracer)

L

label (attribut BaseSettingGroup) (attribut BaseSettingType) (attribut Batch) (attribut BeadsExtraction) (attribut BlinkingReconnection) (attribut Calibration) (attribut Filtering) (attribut FilteringL) (attribut FilteringT) (attribut Gallery) (attribut GaussianFit) (attribut Localization) (attribut SplineFit) (attribut Tracking) (attribut TracksCompute) (attribut VisualizationGraph) (attribut VisualizationHR)

label_widget (attribut BaseSettingType) layout (attribut BaseSettingType) limits (attribut CheckRangeFloat) (attribut CheckRangeInt) (attribut SpinFloat) (attribut SpinInt) Link (classe dans palm_tracer.Tools.FileMigrator) load() (méthode PALMTracer) load_csv() (méthode Viewer3DWidget) load_dll() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) Localisation localization (attribut Settings) Localization (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Localization) localization() (méthode Palm) localizations (attribut PALMTracer) localizations() (méthode Renderer) log10_dataframe() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) Logger (classe dans palm_tracer.Tools.Logger)

M

make_exclusive_btn_group() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_file_info_group() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_form() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_gallery() (dans le module palm_tracer.Processing.Gallery) make_group() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_horizontal_separator() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_info_grid() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_meta() (méthode FileMigrator) make_path_label() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_spin() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_tab() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) make_vertical_separator() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) max_allocation_bytes() (méthode statique Palm) meta (attribut FileMigrator) migrate() (méthode FileMigrator) migrate_astigmatism_3d_model() (méthode FileMigrator) migrate_localization() (méthode FileMigrator) migrate_tracks() (méthode FileMigrator) migrate_tracks_fit() (méthode FileMigrator)

migrate_tracks_instant_diffusion() (méthode FileMigrator) migrate_tracks_msd() (méthode FileMigrator) model_projection_validity() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D) model_validity() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D) module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D palm_tracer.Processing.Drift palm_tracer.Processing.Gallery palm_tracer.Processing.Parsing palm_tracer.Processing.Visualization palm_tracer.Tools.FileIO palm_tracer.Tools.FileMigrator palm_tracer.Tools.Ui palm_tracer.UI.AlignmentWidget palm_tracer.UI.Astigmatism3DWidget palm_tracer.UI.FileMigratorWidget palm_tracer.UI.Viewer3DWidget palm_tracer.UI.ViewerHRWidget monitor() (méthode Monitoring) Monitoring (classe dans palm_tracer.Tools.Monitoring)

N

n_entries (attribut Monitoring)

new (attribut Link) normalize_data() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization)

O

old (attribut Link) open() (méthode FileMigrator) (méthode Logger) open_alignment() (dans le module palm_tracer.UI.AlignmentWidget) open_astigmatism3d() (dans le module palm_tracer.UI.Astigmatism3DWidget) open_calibration_mat() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) open_json() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO)

open_migrator() (dans le module palm_tracer.UI.FileMigratorWidget) open_old_file() (méthode statique FileMigrator) open_old_irregular_file() (méthode statique FileMigrator) open_tif() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) open_viewer3d() (dans le module palm_tracer.UI.Viewer3DWidget) open_viewerhr() (dans le module palm_tracer.UI.ViewerHRWidget) output_folder (attribut FileMigrator)

P

palm (attribut PALMTracer) Palm (classe dans palm_tracer.Processing.Palm) palm_tracer.Processing.Astigmatism3D module palm_tracer.Processing.Drift module palm_tracer.Processing.Gallery module palm_tracer.Processing.Parsing module palm_tracer.Processing.Visualization module palm_tracer.Tools.FileIO module palm_tracer.Tools.FileMigrator module palm_tracer.Tools.Ui module palm_tracer.UI.AlignmentWidget module palm_tracer.UI.Astigmatism3DWidget module palm_tracer.UI.FileMigratorWidget module

palm_tracer.UI.Viewer3DWidget module palm_tracer.UI.ViewerHRWidget module PALMTracer (classe dans palm_tracer.PALMTracer) PALMTracerWidget (classe dans palm_tracer.UI.PALMTracerWidget) parse_irregular_array() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) parse_localization_for_tracking() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) parse_result() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) path (attribut PALMTracer) Pipeline PLOT_DIV_ID (attribut BasePlotlyWidget) plot_histogram() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) plot_plane_heatmap() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) plot_plane_violin() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) PLOTLY_JS_PATH (attribut BasePlotlyWidget) PLOTLY_JS_URL (attribut BasePlotlyWidget) precision (attribut CheckRangeFloat) (attribut SpinFloat) print_error() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) print_success() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) print_warning() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) process() (méthode PALMTracer) PSF (Point Spread Function)

R

rearrange_dataframe_columns() (dans le module palm_tracer.Processing.Parsing) remove_beads() (dans le module palm_tracer.Processing.Drift) remove_file() (méthode FileList) remove_header() (méthode BaseSettingGroup) remove_multi_loc() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D) render_hr_image() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) render_roi() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) render_tracks_image() (dans le module palm_tracer.Processing.Visualization) Renderer (classe dans palm_tracer.Processing.Renderer) reset() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode Button) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) (méthode FileList) (méthode Settings)

reset_filtered() (méthode PALMTracer) reset_result() (méthode PALMTracer) RESOURCE_DIR (attribut BasePlotlyWidget) ROI (Region Of Interest)

S

save() (méthode Monitoring) save_filtered() (méthode PALMTracer) save_json() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) save_png() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) save_tif() (dans le module palm_tracer.Tools.FileIO) scatter() (méthode Grapher) set_size() (méthode Renderer) set_spin_width() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) setting_list (attribut BaseSettingGroup) (attribut Batch) (attribut BeadsExtraction) (attribut BlinkingReconnection) (attribut Calibration) (attribut Filtering) (attribut FilteringL) (attribut FilteringT) (attribut Gallery) (attribut GaussianFit) (attribut Localization) (attribut SplineFit) (attribut Tracking) (attribut TracksCompute) (attribut VisualizationGraph) (attribut VisualizationHR) settings (attribut BaseSettingGroup) (attribut PALMTracer)

Settings (classe dans palm_tracer.Settings.Settings) settings_names (attribut BaseSettingGroup) Seuil (Threshold) show() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) sigma_model() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D) signal_blocked() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode Settings) SignalWrapper (classe dans palm_tracer.Settings.Types.SignalWrapper) SNR (Signal-to-Noise Ratio) SpinFloat (classe dans palm_tracer.Settings.Types.SpinFloat) SpinInt (classe dans palm_tracer.Settings.Types.SpinInt) SplineFit (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.SplineFit) stack (attribut PALMTracer) start() (méthode Monitoring) step (attribut SpinFloat) (attribut SpinInt) stop() (méthode Monitoring) suffix (attribut FileMigrator) (attribut PALMTracer) Suivi sync_spin() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui)

T

to_compact_dict() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode FileList) (méthode Settings) to_dict() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode BrowseFile) (méthode Button) (méthode CheckBox) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) (méthode Combo) (méthode FileList) (méthode Settings) (méthode SpinFloat) (méthode SpinInt) toggle_active() (méthode BaseSettingGroup) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt)

toggle_fit_mode() (méthode Localization) toggle_type() (méthode VisualizationHR) tooltip (attribut BaseSettingType) tostring() (méthode BaseSettingGroup) (méthode Monitoring) (méthode Settings) tracking (attribut Settings) Tracking (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.Tracking) tracking() (méthode Palm) tracks (attribut PALMTracer) tracks() (méthode Renderer) tracks_compute (attribut PALMTracer) (attribut Settings) tracks_compute() (méthode Palm) TracksCompute (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.TracksCompute)

U

update_box() (méthode Combo) (méthode FileList) update_filtered() (méthode PALMTracer) update_from_compact_dict() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode FileList) (méthode Settings) update_from_dict() (méthode BaseSettingGroup) (méthode BaseSettingType) (méthode BrowseFile) (méthode Button) (méthode CheckBox) (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) (méthode Combo) (méthode FileList) (méthode Settings) (méthode SpinFloat) (méthode SpinInt)

update_layer() (méthode Viewer3DWidget) update_limits() (méthode CheckRangeFloat) (méthode CheckRangeInt) (méthode Filtering) update_meta() (méthode FileMigrator) update_path_label() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui) update_spin_limits() (dans le module palm_tracer.Tools.Ui)

V

value (attribut BaseSettingGroup) (attribut BaseSettingType) (attribut BrowseFile) (attribut CheckBox) (attribut CheckRangeFloat) (attribut CheckRangeInt) (attribut Combo) (attribut FileList) (attribut SpinFloat) (attribut SpinInt)

Viewer3DWidget (classe dans palm_tracer.UI.Viewer3DWidget) ViewerHRWidget (classe dans palm_tracer.UI.ViewerHRWidget) visualization (attribut PALMTracer) visualization_graph (attribut Settings) visualization_hr (attribut Settings) VisualizationGraph (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.VisualizationGraph) VisualizationHR (classe dans palm_tracer.Settings.Groups.VisualizationHR)

W

Watershed

wavelett() (méthode Palm) widget (attribut BaseSettingGroup)

Z

z_from_planes() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D)

z_from_step() (dans le module palm_tracer.Processing.Astigmatism3D)