Visionneuse 3D

Lancement

  1. Ouvrez un terminal ou une invite de commande (PowerShell sur Windows) dans le dossier où vous avez extrait les fichiers du projet. Exemple pour C:\palm-tracer. Ouvrez le terminal et tapez la commande suivante cd C:\palm_tracer et appuyez sur Entrée

  2. Assurez-vous que l’environnement virtuel est activé si vous l’utilisez.

  3. Lancez Napari avec la commande : napari

Note

Si vous n’avez pas créé d’environnement virtuel, Napari peut être lancé depuis n’importe où.

  1. Activez le plugin dans Napari : Plugins ‣ PALM Tracer ‣ PALM Tracer

Note

Il est possible de lancer Napari directement avec le plugin avec la commande : napari -w palm-tracer

  1. Dans l’onglet Visualization de PALM Tracer, vous avez un bouton pour lancer la visionneuse de graphiques Open 3D Viewer. Il est également possible de l’ouvrir directement à partir du menu Napari : Plugins ‣ PALM Tracer ‣ Viewer 3D

Bouton de lancement.

Volet calque de Napari

Organisation de l’interface

Vue d'ensemble de Napari avec le widget Viewer 3D

Vue d’ensemble de Napari avec le widget Viewer 3D

L’interface Napari avec la visionneuse 3D est organisée en trois volets principaux :

  • À gauche : le panneau des calques (Layers).

  • Au centre : la fenêtre de visualisation.

  • À droite : le widget de la visionneuse.

Volet Calque

Volet calque de Napari.

Volet calque de Napari

Le volet des calques est la zone où apparaissent tous les éléments visuels générés par le widget pour Napari :

  • Points détectés (en précision flottante et zoomable à l’infini).

Volet de visualisation

Volet de visualisation de Napari.

Volet de visualisation de Napari

La zone centrale de Napari affiche les données. Vous pouvez :

  • Zoomer (molette de la souris)

  • Effectuer une rotation (clic gauche maintenu)

Volet Widget

Volet Widget de Napari.

Volet Widget de Napari

Le volet de droite contient le widget principal de la visionneuse.

Le widget est structuré comme suit :

  • Bouton Load CSV

  • Les options de visualisation

Ouverture des fichiers

Pour mettre à jour ou modifier le fichier utilisé par la visionneuse, il faut cliquer sur le bouton Load CSV. Pour être valide le fichier doit contenir au moins les colonnes X, Y, Z et Integrated Intensity

Options de visualisation

Options de visualisation.

Options de visualisation

Les options de visualisation sont assez simples :

  • Point Size vous permet de définir le diamètre des points pour la représentation vectorielle.

  • XY Scale et Z Scale vous permettent de définir une échelle différente sur le plan XY ou l’axe Z. Utile si vous avez des unités différentes comme des pixels pour X et Y et des nanomètres pour Z.

  • Remove Outliers vous permet de cacher les points dont l’intensité intégrée est à 0. Ce marqueur peut être utilisé en cas d’erreur lors de l’ajustement gaussien. Par exemple, le point n’est pas supprimé, mais son intensité à 0 permet de le mettre à part facilement lors de la lecture du fichier pour des analyses ultérieures.

Suppression des outliers.

Suppression des outliers

Messages de l’application

Des messages peuvent apparaitre à tout moment dans la console et dans les notifications Napari.

Notification de warning Napari.

Notification Napari

WARNING: Le fichier doit contenir les colonnes X, Y, Z et Integrated Intensity.

Ce message indique que le fichier sélectionné ne contient pas les 4 colonnes essentielles à la visualisation.